Die Katalanen hatten den ehemaligen polnischen Nationalspieler Szczesny im Oktober aus dem Ruhestand geholt, nachdem sich Marc-Andre ter Stegen eine schwere Knieverletzung zugezogen hatte. Pena war in der ersten Saisonhälfte die Nummer eins des Klubs, doch in den letzten beiden Spielen bekam Szczesny den Vorzug.
"Meine Aufgabe ist es, die Entscheidung auf dieser Position zu treffen. Für mich ist Tek (Szczesny) ein erfahrener Spieler und er hat eine gute Persönlichkeit", sagte Flick auf einer Pressekonferenz vor dem Champions-League-Spiel gegen Atalanta am Mittwoch.
Barcelona hat sich mit einem 5:4-Sieg gegen Benfica in der vergangenen Woche, bei dem Szczesny zwei schwere Fehler unterliefen, die zu Toren führten, bereits die direkte Qualifikation für das Achtelfinale der Champions League gesichert.
Allerdings hat Barcelona jedes der fünf Spiele, in denen der ehemalige Juventus-Keeper in dieser Saison zum Einsatz kam, gewonnen.