Jacek Magiera schlug nach dem Ende seiner aktiven Karriere rasch eine Laufbahn als Trainer ein. Als Spieler holte Magiera mit Legia Warschau zweimal die Meisterschaft und einmal den polnischen Pokal. Seine Karriere beendete er 2006.
Als Trainer gewann er 2016 mit Legia Warschau die Meisterschaft, anschließend nahm seine Mannschaft auch an der Gruppenphase der UEFA Champions League teil. Magiera war seit Juli als Assistent von Nationalcoach Jan Urban tätig.
Medienberichten zufolge soll Magiera beim Lauftraining zusammengebrochen sein. In einer Pressemitteilung teilte der polnische Fußballverband PZPN mit, dass man die Nachricht von Magieras Tod "mit tiefer Trauer und großem Bedauern" empfangen habe. Seinen Angehörigen wurde "aufrichtiges Beileid" ausgesprochen. Es wird darum gebeten, "die Privatsphäre und Ruhe der Hinterbliebenen in dieser schwierigen Zeit zu respektieren".