Die Augsburger, die ohne mehrere Leistungsträger wie Nationalspieler Mergim Berisha, Ermedin Demirovic und Torhüter Rafal Gikiewicz auskommen mussten, bleiben zum fünften Mal nacheinander sieglos.
Kevin Kampl (10.) und Werner (32./35.) drehten das Spiel für den DFB-Pokalsieger, der durch Arne Maier (5.) früh in Rückstand geraten war. Ruben Vargas (82.) gelang noch das Anschlusstor.
Dabei hatte Leipzig schwungvoll begonnen. Gikiewicz-Ersatz Tomas Koubek war sofort gefordert, als Dominik Szoboszlai (3.) nach Werners Zuspiel aus spitzem Winkel frei zum Abschluss kam. Der Jubel blieb aus - stattdessen folgte der frühe Schock: Beim ersten Angriff des FCA war die defensive Abstimmung der Leipziger fehlerhaft, Maier nutzte den freien Platz im Strafraum und traf zur Führung.
Leipzig blieb dennoch das aktiviere Team und belohnte sich schnell. Nach erneut guter Vorarbeit von Werner, der sich über die rechte Außenbahn durchsetzte und seine Schnelligkeit ausspielte, brachte Kampl dei Leipziger zurück in die Begegnung.
RB verlagerte das Spiel weiter stark in die Augsburger Hälfte. Aus dem großen Plus an Ballbesitz machte Leipzig mitunter zu wenig, konnte sich aber auf Werner verlassen.
Der Angreifer traf erst zur Führung und legte kurz darauf sehenswert nach. Für den 27-Jährigen war es der zweite Bundesliga-Doppelpack der Saison. Leipzig zog sich bis zur Pause etwas zurück, geriet dabei defensiv aber nicht in Schwierigkeiten.
RB hatte auch nach dem Seitenwechsel alles im Griff. Die Sachsen suchten im Spielaufbau geduldig nach Lücken, mussten dabei aber nicht ins Risiko gehen. Augsburg hatte in der Offensive seinerseits große Probleme, fand selten Lösungen und schenkte den Ballbesitz oft nach wenigen Stationen ab. Große Chancen waren Mangelware. Erst das Vargas-Tor machte die Partie nochmal spannend.
Für neue Impulse auf Leipziger Seite sollte Nkunku sorgen. Der französische Offensivstar feierte nach mehrwöchiger Verletzungspause ein rund 20-minütiges Comeback.